О происхождении Бейбарса ведутся споры. По общепринятой версии, Бейбарс родился в Дешт-и-Кипчак к северу от Чёрного моря. В Казахстане принято считать, что он происходил из рода Берш, обитавшего в Прикаспийских степях. Памятник Бейбарсу украшает центральную площадь города Атырау. В Крыму распространена точка зрения, что родиной султана были крымские степи. Известно, что став султаном, Бейбарс посылал богатые подарки в крымский город Солхат (ныне Старый Крым), на его деньги в городе была построена мечеть, руины которой сохранились до сегодняшнего дня.

В юности Бейбарс был захвачен булгарами. Он был продан в рабство за 800 дирхемов дамаскскому купцу аль-Имад ад-Даигу. Заметив на глазу раба бельмо, купец расторг сделку, однако его купил эмир мамлюков Ала ад-Дин Айтегин (Айдакин) аль-Бундукдар. Юноша стал прозываться Бейбарс аль-Бундукдари. Отправленный, как и все приобретённые рабы, для тренировок на нильский остров Рода, Бейбарс показал выдающиеся военные способности. Когда Айтегин аль-Бундукдар впал в немилость и лишился своих мамлюков, Бейбарс был замечен султаном Египта ас-Салих Айюбом и стал командиром одной из частей его личной охраны (1246).

Бейбарс достиг своих первых военных успехов в качестве командира айюбидской армии в битвах при Мансуре и Фарискуре в 1250 году. Предводитель крестового похода король Людовик IX Французский попал в плен, позже он был освобождён за огромный выкуп. Новый султан Тураншах своим пренебрежительным отношением восстановил против себя мамлюков. Чувствуя свою военную силу, группа мамлюкских эмиров во главе с Бейбарсом 2 мая того же года убила Тураншаха. На престол были возведены вдова султана ас-Салих Айюба Шаджар ад-Дурр и мамлюк Айбек, ставший её мужем.

Осенью 1255 года султан Айбек и эмир Кутуз, опасаясь возросшего влияния эмира Актая, убили его. Бейбарс, Калаун и другие мамлюки, близкие к Актаю, страшась, что их ждёт та же участь, бежали в Сирию. Бейбарс находился на службе местного правителя ан-Насир Юсуфа, правнука Салах ад-Дина, до тех пор, пока на трон не взошёл Кутуз (12 ноября 1259 года), примирившись с которым, Бейбарс вернулся в Египет. Кутуз выделил Бейбарсу во владение (икта`) город Калйуб с окрестностями, а также оазисы в Ливийской пустыне.